Louis Theroux probeert de geheimen van de Church of Scientology te doorgronden. Voorman David Miscavige weigert echter voor de camera te verschijnen, waarop Theroux besluit het anders aan te pakken. Sf-schrijver L. Ron Hubbard mag dan de bedenker zijn van de Church of Scientology en acteur
Tom Cruise het boegbeeld, grote man achter de schermen van deze controversiële religieuze beweging is David Miscavige. Louis Theroux wil hem graag eens interviewen, maar verzoeken daartoe worden telkens afgewezen. Daarop besluit Theroux het anders aan te pakken. Geïnspireerd door de filmtechnieken die de kerk zelf gebruikt en geholpen door voormalige leden, huurt Louis acteurs in om
Tom Cruise en David Miscavige te spelen om zo inzicht te krijgen in de werkwijze van de organisatie. Verder ontdekt Louis Theroux dat Scientology ondertussen ook een film over hem maakt.
Deze uitzending van het programma Louis Theroux met de titel My Scientology Movie werd uitgezonden op vrijdag 1 september door de VPRO.